Werner Neugebauer wurde 1967 in Graz geboren. Er studierte am Mozarteum Salzburg bei Prof. Irmgard Gahl und schloss ebendort 1991 sein Studium mit Auszeichnung ab und wurde mit dem Würdigungspreis des Österreichischen Bundesministeriums ausgezeichnet. Es folgten Studien bei Prof . Ernst Kovacic in Wien und eine intensive Beschäftigung mit der Barockgeige und der „historischer Aufführungspraxis“ bei dem damals am Mozarteum lehrenden Nikolaus Harnoncourt. 1993 wurde Werner Neugebauer Mitglied der Camerata Salzburg unter Sandor Vegh. Mit diesem Klangkörper unternahm er ausgedehnte Konzertreisen, spielte aber auch in Ensembles wie dem Klangforum Wien, der Salzburger Hofmusik, dem Concentus Musicus  oder dem Ensemble Baroque de Limoges. Einladungen auf  Kammermusikfestivals in ganz Europa, bei denen er gemeinsam mit Musikern wie Benjamin Schmid, Irena Grafenauer, Radovan Vlatkovic, Thomas Riebl, Sergio Azzolini, Pepe Romero, Michael Kofler, Hansjörg Schellenberger, Giuliano Carmignola u.v.a. auftrat, folgten.<brY1998 wurde er Mitglied im Hyperion Ensemble. Mit dieser Streichsextettformation gestaltete er einen eigenen Zyklus bei der Internationalen Stiftung Mozarteum in Salzburg und trat u. a. im Wiener Konzerthaus, dem Concertgebow Amsterdam, dem Stefaniensaal Graz, der Yale University USA, dem Beethovenhaus Bonn und im Wiener Musikverein auf.<br>Seit 1993 ist er Lehrer an der Universität „Mozarteum“. Zunächst als Assistent von Irmgard Gahl, anschließend in selber Funktion von Benjamin Schmid Lukas Hagen, leitet er seit 2006 eine eigene Vorbereitungsklasse für Violine.  Seit 2009 zusätzlich Unterricht für Musikerziehung und seit 2010 für Instrumentalpädagogik Violine. Darüber hinaus leitete er vertretungsweise 2008/2009 ein Jahr eine Konzertfachklasse an der Anton-Bruckner-Privatuniversität in Linz. Werner Neugebauer spielt eine Geige von Francesco Rugieri aus dem Jahre 1696, eine großzügige Leihgabe des Fürsten Starhemberg.