Christof Winker studierte an der Musikhochschule Freiburg/ Brsg. die Fächer Klavier bei Annekatrin Klein, Liedbegleitung bei Ramon Walter, Orgel bei Szigmond Szathmáry, sowie Cembalo bei Stanislav Heller. Er konzertiert regelmäßig auf historischen, wie modernen Instrumenten im In- Ausland. Ferner wirkt er als Kammermusikpartner und Dozent bei zahlreichen internationalen Meisterkursen in Deutschland, Italien, der Schweiz und in den U.S.A. mit.
Seit 1990 ist Christof Winker Dozent für Bläserkorrepetition an der Musikhochschule Freiburg, wo er unter anderen lange Jahre die Meisterklasse von Heinz Holliger betreute.
An der Musikhochschule Basel korrepetiert er in der Meisterklasse von Omar Zoboli vom Klavier und Cembalo aus.
Ebenfalls seit 1990 ist er Organist an der Ahrend-Orgel der Schlosskirche in Mahlberg.